广义的光合细菌包括蓝藻（又称蓝细菌），是一类可以有效的进行光合作用的细菌；狭义的光合细菌专指能进行光合作用而不产氧的一类细菌。常被用于污水处理、水产养殖、种植业、苗种培育等多种用途。例如:沼泽红假单胞菌、荚膜红假单胞菌、类球红菌等。
光合细菌能利用简单的小分子有机物质，在有光厌氧和无光微氧的情况下生长繁殖。因其具有以下特性，所以常备用作水产养殖用的水环境改良剂和生物饵料:
1.降氨氮:光合细菌能利用水体中的氨态氮进行生长繁殖，所以具有较好的降氨氮效果;
2.抗逆性好:耐高温，耐强光,即使在盛夏的中午39℃的温度下也能较好生长;
3.菌体蛋白含量高:据文献报道，光合细菌的菌体蛋白粗蛋白含量可高达60%以上，是良好的良好的生物饵料;
光合细菌菌液正常的颜色因菌种的不同而略有差异，但通常是酒红色、血红色和砖红色这几种颜色，一般的情况下，菌液比较清澈、色泽亮丽。
如图所示，瓶装菌液颜色暗淡无光泽，瓶底出现很多颗粒状絮状物沉淀，继续培养颜色会慢慢的黑;
如图所示，菌液颜色变为偏黄绿、偏棕色，在不摇动瓶子的前提下，轻轻倒出上层菌液，会发现底部有一层或薄或后的绿色沉淀物。
如图所示，表面看颜色红亮，但实际倒出后的菌液颜色较浅，盛装菌液的瓶壁附着严重。
1.所用的水源未经净化处理，尤其是地下水(井水)、山泉水等，这些水体源通虽然看起来纯净度比较高，但往往会出现重金属含量超标，譬如铁含量超标等。光合细菌带负电荷，重金属离子通常都是带正电荷，依据同性相斥、异性相吸的原理，它们会发生互相吸引而絮凝沉淀，因重金属比重大，故这些絮团常出现在培养容器的底部;
光合细菌自身生长也是有一个适宜的环境要求的，温度、光照强度都是有一定上限的，温度一般控制在20-39℃之间，光照强度一般控制在40-200μmol/（m²•s），相当于2200-11000lux的光照强度；如果长时间处于超高温、超高光的情况下，部分活菌会老化、死亡，这些老化的死亡的菌容易粘连成团沉于底部；
3、培养周期过长或者保存时间过长，同样也会导致颜色暗黑。如果稀释后菌液颜色仍呈艳红色则属于正常。
2.培养光合细菌时，添加熬合剂(又称络合剂)对难溶、微溶及不溶于水的金属化合物进行熬合;
3.如果菌液已经发暗发黑，并有较多沉淀物位于容器底部，上层菌液暗淡，最好是重新更换菌种再培养。如果实在是没有菌种或者菌种比较特殊希望能够挽回，那么则需对发暗发黑的菌液进行过滤，最好是用滤纸(中速或者慢速滤纸)或者300目以上的网布对菌液的上清液进行过滤，底部沉淀物舍弃不用，另补充水及培养基，照此方式反复几次，一般都能将原菌种进行复壮。
光合细菌能够耐受的温度能达到39℃，但适宜的生长温度在20－35℃之间，适宜的光照强度在2200－11000lux(勒克斯),如果长时间处于高温和强光的环境下培养光合细菌，超出耐受的温度范围容易导致光合细菌的死亡、老化，这些死亡和老化的细菌容易粘连成团(或呈片状、絮状)沉底，随着时间的延长，这个老化和死亡的光合细菌会进一步加速死亡，最终导致整瓶菌液发黑。这类情况主要发生在盛夏时期，故在盛夏培养光合细菌时，中午11－14点之间，要在培养光合细菌的上部加盖遮阳网遮阳降温和降低光照强度。
另外在盛夏培养光合细菌时，不要将培养容器直接放在水泥地面或金属面板上培养，因水泥地面、金属面板升温快，非常容易引起积温超过39℃，容器越小升温越快，有时容器内的菌液温度能够达到45以上，这已经远远超出了光合细菌可以耐受的温度范围，有条件的话，可以辅助以雨淋和风扇吹风等措施降温。
光合细菌属于光合自养生物，它既能利用小部分的小分子有机物，也能利用一些氮磷钾无机盐，和藻类的生长营养需求具有较大程度的重叠，在相同的培养基培养的情况下，光合细菌能够生长，藻类一样能生长。
培养光合细菌时，假如慢慢的出现菌液变绿，一个很大的因素在于菌种不纯，菌种中混杂有绿藻，在环境条件合适时，绿藻和光合细菌都能生长，最初光合细菌占优势，慢慢绿藻能占为优势，如果长期观察的话，会发现很独特的现象，菌液由最初的上红下绿转变为下红上绿，如果时间足够长，又会变成上红下绿，实则是光合细菌与微藻的协同与竞争关系的体现。
因光合细菌菌液市面上也不算太贵，培养光合细菌的用水通常都采用的地下水或者自来水或者海水，这些水源里都会含有一些微藻(或者微藻的休眠孢子)，常规的过滤难以实现完全无藻;即使采用消毒剂杀藻，虽能杀灭一些藻细胞，但同样对藻类的休眠孢子效果不理想，一旦环境条件适合，这些休眠孢子就会复苏，继而生长慢慢变绿。
培养容器未经处理、培养基混杂有休眠的藻细胞、或者长时间露天作业(空气中、雨水里)都可能会带来微藻的种子，可以说微藻无处不在，只要有一定的湿度，通常都会有微藻的细胞，无非是多和少而已。
光合细菌菌液变绿的原因前篇已做分析，主要是因菌种不纯、用水不洁及操作不当三个方面的因素引起。
其次是可以将变绿的菌液再进行富集纯化培养处理几次，也能解决变绿的问题。
培养光合细菌的水源，无论是地下水还是自来水，最好还是经过系统的消毒、解毒、絮凝除杂、过滤等工序，能够更大限度的提高培养好光合细菌的成功几率。
光合细菌能够耐受某些特定的程度的高温和高光照强度，但并不是意味着可以无限耐受。如果菌液本身有微量的藻污染，只要培养条件合适，管理措施到位，基本上也不可能会出现质量上的问题。但如果不做处理，绿藻就会很快成为优势。原因如下:
光合细菌通常只有0.2－0.5μm，而绿藻类通常都在3μm以上，光合细菌个体更小，比重轻，所以正常状态下，光合细菌分布在上层，假如慢慢的出现有绿藻，也仅仅分布在底部，光合细菌又呈鲜红和深红色，有着非常强的遮光效果，所以只要光合细菌迅速正常的繁殖，绿藻始终会被抑制。
但如果光照过强，分布在容器上层的光合细菌被持续的强光晒死以后，与其他无机盐和有机质粘连成团、比重加大而自然沉降，同时光合细菌的大量死亡后，光合细菌的色素体也被破坏，菌液的颜色变淡，这就给绿藻利用光源进行光合生长提供了非常好的机会，大量繁殖最终绿藻又能变成优势种群，光合细菌培养就彻底以失败而告终。
所以盛夏的中午，适度遮光降温是避免绿藻污染泛滥的一个有效且非常有必要的措施。
1.光合细菌的菌液纯度不够高，里面含有其他杂菌，这些杂菌容易繁殖菌液混浊和附壁。
有些培养基因使用的原料配方不同，培养时浊度就很大，有些培养基原料还加有些增稠的成分。
排除掉培养基的因素影响，如果属于杂菌污染，只需将容器中的菌液轻轻倒出，再装瓶加培养基反而培养几次就能解决。
