天然发酵乳制品具有“发酵状况敞开，制造流程与工艺粗豪”的特色，其制造和食用以及共同的风味、质地和营养价值撒播千年。我国有着十分丰厚的乳制品资源，首要散布在新疆、西藏、内蒙古等地，以酸牛乳、酸马乳、酸驼乳、奶酪和发酵牦牛乳等发酵乳制品为首要代表，其间蕴藏了丰厚的乳酸菌资源，包含乳杆菌属、片球菌属、明串珠菌属和乳球菌属。天然发酵乳中的微生物阅历千年的天然选择，构成了结构较为杂乱，相对来说比较安稳和形式多样的微生物生态系统。但是，天然发酵乳中乳酸菌安稳、可遗传微观生态系统的构成原因和驱动要素尚不清晰。
Intraspecific microdiversity and ecological drivers of lactic acid bacteria in naturally fermented milk ecosystem
作者选用培育组学、基因组学和宏基因组学技能对来自5个国家的12个区域的12份天然发酵乳制品样本中的乳酸菌微观多样性及其驱动要素进行了系统性的研讨。进一步，作者别离并对717株代表性的乳酸菌菌株进行基因组测序，对天然发酵乳样本做了深度宏基因组测序，并对其间的214株瑞士乳杆菌、97株乳酸乳球菌乳酸亚种和325株德氏乳杆菌保加利亚亚种进行了系统发育联系的剖析。
作者发现，同一样本中的乳酸菌菌株具有高度的种内异质性（每个样本均匀含有2418至4382个单核苷酸多态性（SNP）），在进化角度上被分为2–8个进化谱系。绝大多数谱系的碳水化合物和蛋白水解功用具有十分显着差异。经过对种内特异性基因进行溯源，发现23.93%–53.70%的基因产生水平基因搬运事情（HGT）。此外，样品的微生物组成与各个物种/亚种的核苷酸多样性呈明显负相关联系（r = -0.65, P 0.008）。
综上所述，在该工作中作者提醒了天然发酵乳种群组成及遗传物质交流是该微观系统的驱动要素，也为天然发酵乳制品的微生物研讨供给了生态学见地。该研讨从菌株、菌种和菌群层面探求天然发酵乳制品中乳酸菌多样性及安稳性机制，有望为传统发酵乳制品中优秀微生物资源发掘供给理论指导以及工业化出产供给技能支撑。
内蒙古农业大学博士后尤利军为该论文的榜首作者，内蒙古农业大学刘文俊研讨员、张平和教授为论文的通讯作者。该研讨工作得到了国家重点研制方案、国家天然科学基金、内蒙古自治区科技方案等多个项目的支撑。
